Jamtlis tillfälliga utställningar tar upp aktuella former och trender inom konst, foto och samhällsutveckling och belyser intressanta historiska teman både från förr och nu. Visningar i de tillfälliga utställningarna kan även kombineras med skapande verksamhet i Jamtlis Ateljé under ledning av museets konstpedagoger.
Under 2007 och 2008 pågår ett konstpedagogiskt samarbete med Östersunds konstskola som bland annat innebär att skolans elever gör "konstnedslag" i Jamtlis utställningar.